Spółkę komandytową reprezentuje co prawda komplementariusz, ale komplementariusz i spółka komandytowa są odrębnymi podmiotami. Oznacza to, że nie jest możliwe posługiwanie się przez spółkę komandytową numerem NIP jej komplementariusza (nawet, jeżeli też jest nim spółka prawa handlowego).
Obowiązek złożenia przez spółkę komandytową zgłoszenie identyfikacyjnego wynika bezpośrednio z przepisów ustawowych. Art. 2 ust. 1 ustawy o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników wśród podmiotów podlegających obowiązkowi ewidencyjnemu (tzn. takich, które musza uzyskać numer NIP) wymienia m.in. jednostki organizacyjne nie mające osobowości prawnej, które na podstawie osobnych ustaw są podatnikami. Spółka komandytowa nie jest co prawda podatnikiem podatku dochodowego (nie jest bowiem ani osobą prawną, ani tym bardziej osobą fizyczną), ale z pewnością jest podatnikiem podatku od towarów i usług (VAT), a tym samym musi wystąpić o nadanie numeru NIP.
W praktyce, ze względu na tzw. zasadę „jednego okienka”, zgłoszenie identyfikacyjne (formularz NIP-2 wraz z załącznikiem NIP-D zawierającym informacje o wspólnikach spółki) składa się wraz z pozostałymi dokumentami dotyczącymi założenia spółki komandytowej do sądu rejestrowego. Ma on teoretycznie 3 dni robocze od dnia dokonania wpisu w Krajowym Rejestrze Sądowym na przesłanie dokumentacji do właściwego naczelnika urzędu skarbowego. Ten z kolei powinien „niezwłocznie” wydać decyzję o nadaniu numeru NIP, choć zwykle jej wydanie może trwać nawet do 10 dni (tylko w przypadku zgłoszenia dokonywanego przez osobę fizyczną ustawodawca określił termin 3-dniowy).
Podsumowując, ze względu na fakt, że spółka komandytowa jest odrębnym od wspólników podmiotem musi uzyskać oddzielny numer NIP.
