Zarówno przychody jak i koszty podatkowe spółki komandytowej należy rozdzielić między jej wspólników według proporcji w jakiej wspólnicy uczestniczą w zyskach – czyli 5% przychodów i 5% kosztów przypada na komplementariusza, natomiast 95% przychodów i 95% kosztów przypada na komandytariusza. Taką zasadę rozliczenia kosztów podatkowych stosuje się nawet w sytuacji, gdy w umowie spółki udział wspólników w stratach został określony w inny sposób niż udział w zyskach. Wynika to z art. 8 ust. 1 i 2 ustawy o PIT (i analogicznego art. 5 ust. 1 i 2 ustawy o CIT). Organy podatkowe też potwierdzają, że zarówno do przychodów jak i kosztów przypisanych wspólnikowi stosuje się proporcję w jakiej wspólnicy uczestniczą w zyskach.
Potwierdził to również Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 17 listopada 2011 r., sygn. II FSK 904/10: W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, w świetle powyższych unormowań podatkowych, wspólnicy spółki partnerskiej mogą określić prawo do udziału w zysku w spółce - w dowolnej (dopuszczalnej przepisami Kodeksu spółek handlowych) proporcji, według której będą rozliczane przychody z udziału w spółce, jednakże konsekwentnie w takiej samej proporcji winny też być dla celów podatkowych rozliczane koszty uzyskania przychodów.
