Naszym zdaniem wspólnicy mogą postanowić, że wartość składników majątkowych wnoszonych aportem określona w umowie stanowi ich wartość rynkową pomniejszoną o kwotę podatku VAT. Tym samym wspólnicy będą mogli oddzielnie rozliczyć VAT należny od tej transakcji.
Wniesienie aportem składników majątku stanowi czynność opodatkowaną VAT na zasadach ogólnych – jest traktowane jak odpłatna dostawa towarów, którą zgodnie z ustawową definicją stanowi przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel. Jeżeli więc zwykła sprzedaż tych składników majątkowych byłaby opodatkowana, to w przypadku ich aportu również należy rozliczyć VAT. Jest to specyficzna sytuacja – mimo że wnoszący aport nie otrzymuje zapłaty, zobowiązany jest wpłacić należny VAT do urzędu skarbowego. Z drugiej strony spółka ma prawo odliczyć VAT z faktury dokumentującej wniesienie aportu. Jak więc optymalnie rozliczyć tę transakcję?
Przede wszystkim pojawiają się wątpliwości co do tego, jak ustalić podstawę opodatkowania – czy wartość wkładu ustalona przez wspólników powinna być traktowana jako kwota netto czy brutto. Stanowisko organów podatkowych i sądów w tej kwestii nie jest jednolite.
Na przykład w wyroku z 14 sierpnia 2012 r. (sygn. I FSK 1405/11), odnosząc się do aportu wniesionego w zamian za udziały w spółce z o.o., Naczelny Sąd Administracyjny orzekł, że wartość wkładów wnoszonych do spółki stanowi kwotę brutto i podatek z tytułu tej czynności należy liczyć "w stu". Takie podejście uniemożliwia oddzielne rozliczenie w gotówce wartości VAT należnego w związku z transakcją. Z kolei w niektórych interpretacjach organy podatkowe stoją na stanowisku, że to umowa powinna określać, czy wysokość wniesionego wkładu będzie odpowiadała wartości netto aportu, czy brutto (tak np. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z 11 maja 2011 r., nr IPPP1-443-251/11-2/BS).
Obecnie w interpretacjach organów podatkowych dominuje pogląd, że w przypadku wniesienia aportu do spółki nie występuje kwota należna (cena) w zamian za wniesione towary. Stąd też podstawę opodatkowania podatkiem VAT tej transakcji należy określić stosując art. 29 ust. 9, zgodnie z którym w przypadku wykonania czynności opodatkowanych, dla których nie została określona cena, podstawą opodatkowania jest wartość rynkowa towarów lub usług pomniejszona o kwotę podatku. Potwierdzeniem tego stanowiska jest np. interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 22 listopada 2012 r., nr ITPP2/443-1071b/12/RS oraz interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 19 czerwca 2012 r., nr IBPP2/443-576/12/AM.
Dlatego też naszym zdaniem wspólnicy mogą określić, że wskazana w umowie wartość składników majątkowych wnoszonych aportem stanowi ich wartość rynkową pomniejszoną o kwotę podatku VAT i jednocześnie postanowić, że VAT zostanie odrębnie rozliczony. Dzięki temu VAT należny od tej transakcji, który wnoszący aport zobowiązany jest zapłacić do urzędu skarbowego, zostanie zwrócony mu przez spółkę otrzymującą aport. Ponieważ spółka odliczy VAT z faktury dokumentującej tę transakcję, to ostatecznie VAT dla obu stron pozostanie neutralny.
Organy podatkowe nie powinny kwestionować takiego sposobu rozliczenia się wspólnika wnoszącego aport i spółki. Wynika to przede wszystkim z tego, że co do zasady (poza wyjątkami określonymi w ustawie) strony transakcji mogą swobodnie ustalać wysokość wynagrodzenia za dostawę towarów czy świadczenie usług. Podstawa opodatkowania wynikać powinna z umowy zawartej pomiędzy kontrahentami bo tylko sprzedawca jest w stanie określić, co dokładnie jest wkalkulowane w kwotę należną od nabywcy (potwierdzeniem tego jest interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 7 listopada 2012 r., nr IPTPP2/443-696/12-5/PR).