Konstrukcja PIT zakłada podział osiąganych przez podatnika przychodów i ponoszonych kosztów na poszczególne źródła przychodu wymienione w art. 10 ust. 1 ustawy o PIT (m.in. pozarolnicza działalność gospodarcza, kapitały pieniężne, najem oraz odpłatne zbycie). Dochód ustala się dla każdego ze źródeł osobno, co oznacza że koszty należące do jednego ze źródeł nie mogą pomniejszać przychodów z innego źródła. Analogiczne rozwiązanie przyjęto dla rozliczenia straty podatkowej, można ją bowiem odliczyć tylko od dochodu uzyskanego z tego źródła przychodu, na którym wcześniej zanotowano tę stratę.
Zgodnie z art. 5b ust. 2 ustawy o PIT, przychody osiągane przez osoby fizyczne z udziału w zysku spółek osobowych (w tym spółki komandytowej) uznawane są co do zasady, za przychody z działalności gospodarczej. Natomiast w opisywanym przez Pana przypadku strata ze zbycia udziałów w spółce z o.o. zostanie przyporządkowana do źródła przychodów z kapitałów pieniężnych. W konsekwencji, nie będzie Pan mógł jej odliczyć od dochodów uzyskiwanych z pozarolniczej działalności gospodarczej.
Wskazany, niekorzystny sposób rozliczenia wynika z przyjętej w ustawie o PIT definicji działalności gospodarczej. W jej świetle, dany przychód można zakwalifikować do przychodów z pozarolniczej działalności gospodarczej tylko wtedy, gdy nie jest on wymieniony w przepisach dotyczących innych źródeł przychodów jak np. kapitały pieniężne czy działalność wykonywana osobiście. W analizowanej sytuacji, art. 17 ust. 1 pkt 6 ustawy o PIT (dotyczący przychodów z kapitałów pieniężnych) wskazuje na „przychody z odpłatnego zbycia udziałów w spółkach mających osobowość prawną oraz papierów wartościowych”. Biorąc pod uwagę dominującą linię orzecznictwa organów podatkowych, oznacza to konieczność zaliczenia przychodów oraz kosztów związanych z transakcją na udziałach spółki z .o.o. do przychodów z kapitałów pieniężnych.
Warto wspomnieć, że opisane ograniczenie w rozliczeniu straty nie dotyczy wspólników – osób prawnych. Podatek dochodowy od osób prawnych nie zakłada bowiem podziału przychodów podatnika na odrębne źródła.