Zgodnie z ustawą o podatku od czynności cywilnoprawnych opodatkowaniu tym podatkiem podlega przekształcenie spółek, jeżeli jego wynikiem jest zwiększenie majątku spółki osobowej. Mogłoby się więc wydawać, że, gdy spółka z o.o. jest przekształcana w spółkę komandytową, a w trakcie tego procesu wspólnicy nie wnoszą do spółki żadnych nowych wkładów, majątek spółki nie ulega żadnej zmianie i w konsekwencji nie występuje obowiązek zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC).
Organy podatkowe (m.in. w interpretacji Ministra Finansów z 25.10.2010 r. sygn. PL/LM/830/72/EOB/2010/245, interpretacji IS w Poznaniu z 24.05.2010 r. sygn. ILPB2/436-50/10-3/MK oraz interpretacji IS w Bydgoszczy z 17.04.2008 r. sygn. ITPB2/436-13/08/MK) i sądy administracyjne (m.in. w wyrokach WSA w Gorzowie Wlkp. z 19.01.2011 r. sygn. I SA/Go 984/10, WSA w Poznaniu z 01.12.2010 r. sygn.III SA/Po 607/10, czy WSA w Gliwicach z 19.07.2010 r. sygn. I SA/Gl 326/10) stoją jednak na stanowisku, że przekształcenie spółki kapitałowej (sp. z o.o. lub S.A.) w spółkę osobową (np. spółkę komandytową) jest neutralne na gruncie PCC tylko, jeśli na dzień przekształcenia suma wkładów do spółki komandytowej będzie równa wartości kapitału zakładowego spółki z o.o. Utożsamiają zatem „zwiększenie majątku spółki osobowej”, o którym mowa w ustawie o PCC, ze zwiększeniem kwoty wkładów do spółki komandytowej w stosunku do wartości kapitału zakładowego w spółce z o.o. nawet jeżeli to zwiększenie nie jest finansowane z zewnątrz, ale z innych kapitałów (zapasowego lub rezerwowego) spółki z o.o.
Jeżeli zatem w spółce z o.o. poza kapitałem zakładowym występują też inne kapitały (tj. kapitał zapasowy lub rezerwowy), które w wyniku przekształcenia, na podstawie decyzji wspólników, przejdą na wkłady do spółki komandytowej, to w takiej sytuacji trzeba będzie zapłacić 0,5% od kwoty stanowiącej różnicę między sumą wkładów w spółce przekształconej (sp.k.) a kwotą kapitału zakładowego w spółce, którą podlegała przekształceniu (sp. z o.o.). Oczywiście wspólnicy mogą postanowić, że kwoty kapitałów innych niż zakładowy w spółce, którą podlegała przekształceniu (sp. z o.o.) nie powiększą wkładów w spółce przekształconej (sp.k.) i wówczas nie pojawi się konieczność zapłaty PCC.
Warto podkreślić, że przekształcenie spółki z o.o. (lub akcyjnej), w której poza kapitałem zakładowym występują również inne kapitały może być niekorzystne na gruncie podatku dochodowego. Zgodnie bowiem z art. 24 ust. 5 pkt 8 ustawy o PIT i art. 10 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT niepodzielone zyski zgromadzone w spółce kapitałowej (które zwykle znajdują się na kapitale zapasowym) w momencie przekształcenia w spółkę osobową (np. spółkę komandytową) podlegają opodatkowaniu 19% PIT.